Pecco Bagnaia, que ya había liderado el FP1 de la mañana, no se inmuta y cuando Jorge Martín le superó en una vuelta rápida a falta de ocho minutos para el final en más de medio segundo, el italiano volvió a la pista para hacer un último intento que le situó primero en la hoja de tiempos, a menos de cuatro minutos para el final, dejando al español segundo. Martín se resistió a terminar en esa posición y en su último intento, cuando empezaba su vuelta lanzada, perdió el frontal de su moto en la curva uno para protagonizar su 15ª caída de la temporada, igual que en la Práctica de Misano y Australia.
Pese a la caída, el español acabó segundo en la hoja de tiempos, clasificándose directamente para la Q2 del Gran Premio de Malasia, que se celebra este fin de semana en Sepang, y habiendo exhibido un muy buen ritmo de carrera durante la sesión hasta el time attack.
Tras los dos contendientes al título terminó Enea Bastianini, con la misma moto, a dos décimas de la referencia, con Maverick Viñales, el único piloto que ha estado siempre en la Q2 esta temporada, junto a Pecco y Jorge, ocupando la cuarta posición como primera moto no Ducati al manillar de su Aprilia.
Quinto acabó Alex Márquez en un circuito que siempre se le ha dado bien y donde el año pasado logró un podio en la sprint, superando a la primera moto japonesa, la de Fabio Quartararo, que fue sexto. Franco Morbidelli exprimió las cualidades de su Ducati GP24 para acabar séptimo, por delante de Alex Rins, que a rueda de Bagnaia se coló en la Q2, algo poco habitual últimamente para el catalán, logrando colocar las dos motos Yamaha en el top 10.
Jack Miller fue noveno y, por los pelos, Marc Márquez logró clasificarse directamente para la Q2 con el décimo mejor tiempo, superando en 76 milésimas a Pedro Acosta, que se quedó fuera de la clasificatoria cronometrada como undécimo. Ambos pilotos, el murciano y el catalán, empezaron su última tanda con gomas nuevas a rueda de Martín, pero la caída del madrileño les dejó descolocados y tuvieron que buscarse la vida para hacer sus vueltas rápidas, con más suerte para el de Ducati en detrimento para el de KTM.
Tampoco pasó Marco Bezzecchi ni Brad Binder entre los habituales en la Q2, con Alex Espargaró 17º tras caerse hasta dos veces en la curva 9. Joan Mir acabó 20º como último piloto permanente, mientras que el italiano Andrea Iannone volvió a demostrar que no desentona del todo en MotoGP, logrando superar a Lorenzo Savadori y terminando a menos de dos segundos de la marca de Bagnaia.